Mata kuliah ini membahas tentang pertumbuhan, produksi maupun reproduksi ternak ruminansia dan non ruminansia ditentukan oleh kegiatan mikrobia (bakteri, protozoa dan fungi) dalam rumen dan saluran cerna yang lain, yang satu dengan lainnya saling berinteraksi dalam jalur metabolisme. Mata kuliah Mikrobiologi Ternak diawali dengan membahas klasifikasi dan peran bakteri, protozoa dan fungi dalam ekologi saluran pencernaan. Interaksi biokimiawi antar mikrobia dan mikrobia dengan sel ternak. Kajian aktivitas mikrobia pada proses fermentasi saluran pencernaan, yang dilanjutkan dengan pemahaman interaksi metabolisme antar mikrobia perlu dipelajari termasuk strategi pengaturan fermentasi agar dapat memaksimalkan efisiensi fermentasi.